Diversidad microbiana asociada a chenopodiaceae Halotolerantes: Análisis comparativo de comunidades microbianas de suelo, de rizósferas y de microorganismos endofíticos en Suaeda spp y Atriplex spp

Abstract

Los microbios asociados a las plantas pueden ayudar a mediar tal estrés seco y salino. Nosotros analizaron las comunidades microbianas de la rizosfera, el suelo y la hojarasca asociadas con dos plantas de quenópodos adaptados a la solución salina, Suaeda mexicana, del centro de México y Atriplex canescens, de la región del desierto de Chihuahua de los Estados Unidos. Con el fin de caracterizar la comunidad microbiana cultivable, se tomaron muestras de suelo y hojarasca procesado y analizado mediante métodos tradicionales de enchapado de superficie. Las muestras se sembraron en dieciséis medios de cultivo diferentes: R2A modificado; Casaminoácidos; BHAP; PDA; TYA y YCED. Cada medio contenía 4% o 10% de NaCl (p / v) y se ajustó a pH neutro o básico. Células de 43 cepas, seleccionadas como representantes de los aislados cultivados, se lisaron por congelación-ebullición y directamente aplicado a mezclas de PCR. La amplificación de los fragmentos de rADN 16S se llevó a cabo utilizando los pares de cebadores F984GC-R1378 para bacterias e ITS1F-ITS4 para el único hongo aislar. Las secuencias obtenidas de los productos de PCR obtenidos a partir de aislamientos de Atriplex se homólogo a secuencias de los géneros bacterianos Penibacillus, Streptomyces, Promicromonospora, Rhodococcus, Bacillus y Pseudomonas, y el hongo género Aspergillus. Secuencias homólogas al género Artrhobacter, Streptomyces, Nocardia, Cellulosimicrobium, Pseudomonas y Bacillus fueron amplificado a partir de aislados de Suaeda. El ADN total se extrajo de muestras de suelo y hojarasca en diferentes estaciones (invierno y primavera). Uso de un cebador universal bacteriano 16S, codificado con etiqueta Se utilizó FLX Amplicon Pyrosequencing (TEFAP) para evaluar la diversidad microbiana. Cada uno de los aislamientos se utilizó para la inoculación de cultivos axénicos Se evaluó la promoción del crecimiento de plantas de semillero y plantas de semillero de amaranto spp.

Plant associated microbes may help mediate such dry and salt stress. We analyzed rhizospheric, soil and leaf litter microbial communities associated with two saline-adapted chenopod plants, Suaeda mexicana, from central Mexico and Atriplex canescens, from the Chihuahuan Desert region of the United States. In order to characterize the cultivable microbial community, soil and leaf litter samples were processed and analyzed by traditional surface spread plating methods. The samples were plated on sixteen different culture media: modified R2A; Casamino acids; BHAP; PDA; TYA and YCED. Each medium contained either 4% or 10% NaCl (w/v), and was adjusted to either neutral or basic pH. Cells of 43 strains, selected as representatives of the cultivated isolates, were lysed by freeze-boiling and directly applied to PCR mixtures. Amplification of 16S rADN fragments was carried out using the primer pairs F984GC-R1378 for bacteria and ITS1F-ITS4 for the sole fungal isolate. Sequences obtained from PCR products obtained from Atriplex isolates were homologous to sequences of the bacterial genera Penibacillus, Streptomyces, Promicromonospora, Rhodococcus, Bacillus and Pseudomonas, and the fungal genus Aspergillus. Sequences homologous to the genera Artrhobacter, Streptomyces, Nocardia, Cellulosimicrobium, Pseudomonas and Bacillus were amplified from Suaeda isolates. Total DNA was extracted from samples of soil and leaf litter in different seasons (winter and spring). Using a Universal Bacterial 16S Primer, Tag-Encoded FLX Amplicon Pyrosequencing (TEFAP) was used to assess microbial diversity . Each of the isolates were used for the inoculation of axenically grown Amaranth spp seedlings and plant growth promotion was evaluated